Det er et eget styre for nasjonalparken. Styret skal forvalte området i samsvar med internasjonale forpliktelser, naturmangfoldloven og verneforskriften. Grunneierne har to representanter i styret som ledd i et forsøk.
Nasjonalparkstyret
Nasjonalparkstyret har to representanter fra Kragerø kommune, en fra Telemark fylkeskommune, og i forsøksperioden, to grunneierrepresentanter – en fra hver av øyene Jomfruland og Stråholmen. Representanter fra Kragerø kommune og grunneierrepresentanter foreslås av Kragerø kommune. Representanten fra Telemark Fylkeskommune foreslås av Telemark fylkesting/ fylkesutvalg. Miljødirektoratet fastsetter styrets sammensetning. Styret har ansvaret for:
• Myndighetsutøvelse etter verneregler fastsatt i verneforskriften.
• Utarbeide forslag til forvaltningsplan med besøks-strategi. Planen godkjennes av Miljødirektoratet.
• Skjøtsel for å bevare og utvikle verneverdiene.
• Legge til rette for friluftsliv slik at nasjonalparken kan oppleves og brukes uten at det er fare for at verneverdiene blir påført skade.
• Nødvendig kunnskapsinnhenting om verneverdier.
• Overvåking av verneverdiene som grunnlag for å vurdere om bevaringsmålene blir nådd.
• Ha nødvendig kontakt med grunneiere, rettighetshavere, brukere, lag og organisasjoner.
• Påse at alle vesentlige brudd på reglene i verneforskriften som styret får kjennskap til, blir rapportert/anmeldt til Politiet.
• Rapportere om forvaltningen til Miljødirektoratet.
Styret kan delegere myndighet til å avgjøre saker til forvalter. Saker etter verneforskriftens § 11 kan ikke delegeres.
Hvem som sitter i nasjonalparkstyret finner du på https://www.nasjonalparkstyre.no/Jomfruland. Samme sted finner du også hvem som sitter i Rådgivende utvalg.

Faste medlemmer i det første styret under åpningen i august 2017. Fra venstre: Tone Berge Hansen, Jone Blikra, Viggo Nicolaysen, Torstein Kiil og Solfrid Rui Slettebakken.

Faste medlemmer og varamedlemmer i nasjonalparkstyret på Øytangen i 2020. Fra venstre: Torstein Kiil, Morten Johannessen (forvalter), Jone Blikra, Kathrine Kleveland, Knut Jarle Sørdalen, Camilla Skjerven Langlo, Bjørn Kristoffer Dolva. Henriette Fluer Vikre, Viggo Nicolaysen, Solfrid Rui Slettebakken og Erling Krogh.