Naturtyper på land
Jomfruland har kanskje de fineste skogshagemarkene i kyststrøk i landet og store kystkantkratt. Sandkystvegetasjonen på Jomfruland har nasjonal verdi og sandtørrengene er de største i Norge. På Stråholmen er det strandenger, tang- og tarevoller og brakkvannsdammer med mulig internasjonal verdi.
Landskapsverdier
Landskapet i nasjonalparken består av blankskurte svaberg, rullestein, skog og kulturlandskap. Omtrent 700 dekar av arealet i nasjonalparken på Jomfruland og Stråholmen er preget av beiting, slått og landskapsskjøtsel. Områdene rommer en rekke arter som er avhengige av at slått og beiting videreføres.
Kulturminner
I tillegg til steingjerdene er det noen få kjente, eldre tids kulturminner på land. Øyene er lite kartlagt og trolig finnes det flere spor under bakken. Jomfruland er nevnt i kongesagaene og det ble i 2023 funnet en skålspenne på Jomfruland, datert til 800-tallet. Det er videre registrert 18 kulturminner fra nyere tid på Jomfruland og Stråholmen. I sjø er det registrert 12 skipsvrak fra perioden 1700 til 1928.
Artsmangfold på land
Landarealet på 2 600 mål utgjør bare ca. to prosent av nasjonalparken, men med stor variasjon i livsmiljøer, er områdene svært artsrike i norsk sammenheng.
Jomfruland og Stråholmen er svært viktige rasteområder for fugl under trekket. Nord på Jomfruland og på Stråholmen hekker det nattergal, tornirisk og av og til tornskate og rosenfink. Jomfruland Fuglestasjon har registrert over 320 fuglearter. Bare på Lista er det registrert flere her i landet.
I nasjonalparken er det sterkt truede plantearter som strandtorn, sodaurt, jordbærkløver, fjærehøymol og gul hornvalmue. Området er dessuten et av landets viktigste områder for planter med genressursverdi for mat og landbruk.
Skogshagemarkene på Jomfruland er viktige for ved- og marklevende sopp. Den gamle eik/hasselskogen og eikekjempene er levesteder for mange billearter. De tørre områdene på Jomfruland og på Stråholmen er spesielt viktige for beitemarksopp. Den åpne og solrike sandgrunnen nord på Jomfruland er hot-spot for biller og sommerfugler.
Hvis en ser alle organismegrupper under ett, er 154 arter oppført på Norsk Rødliste.
Artsmangfold i havet
98% av Jomfruland nasjonalpark befinner seg under havoverflaten. De marine områdene er viktige leve- og oppvekstområder for en rekke arter.
I det grunne tangbeltet finner vi flere arter tang og andre makroalger i gruppene rødalger, brunalger og grønnalger. Av disse gruppene er det er det tang som dominerer i tangbeltet, og da særlig sagtang som vokser rett under tidevannsbeltet. I områder med mye bølger er det andre mer robuste tråd- og buskformede arter som for eksempel rekeklo som dominerer.
Etter oljesølet fra Full City i 2009 ble det påvist et rikt mangfold av alger og dyr utenfor Stråholmen og Jomfruland, med 42 algearter og 25 dyrearter.
Flere steder i nasjonalparken, blant annet på Stråholmen, er det brakkvannsdammer. Naturmangfoldet i slike dammer er lite kartlagt, men en vet at de kan være levested for arter av karplanter og kransalger som er truet. Det finnes også gruntvannspoller, blant annet på Stangnes.
I de dypereliggende områdene ut mot kyststrømmen er det ikke planteproduksjon og dyrelivet er avhengig av plantemateriale fra grunne områder, overflatelaget eller med havstrømmene. Der det er hardbunn (fjell eller stein), lever det mange dyregrupper.
Nasjonalparken dekker sjøbunn som stort sett ligger grunnere enn 60 meter. Det er derfor ikke større arealer med utpreget dypvannsmiljø.
Av arter knyttet til sjøbunnen finner du blant annet flatøsters, hummer, taskekrabbe, sjøkreps og dybvannsreke i nasjonalparken. I grunne områder vil du også finne strandreker, strandkrabber og småfisk.
I vannmassene finnes blant annet torsk, lyr, sei, makrell og brisling. Rundt brygger og svaberg kan du møte leppefisk som blåstål og berggylt.
I havet utenfor Jomfruland og Stråholmen svømmer pigghå, kveite og makrellstørje.
Av og til kommer det sjeldne gjester som til vanlig holder seg i helt andre havområder. Det ser ut til at besøk av tropiske fiskeslag blir mer vanlig som følge av klimaendringene.